La gouvernance de Pl@ntNet est assurée par un consortium composé de quatre organismes de recherche (CIRAD, Inria, INRAE et IRD) et de la fondation Agropolis. La gestion du consortium s’inscrit dans le cadre du dispositif InriaSOFT, un programme de pérennisation des réalisations numériques d’Inria et de ses partenaires. Les principales instances de gouvernance sont le comité exécutif (en charge des décisions stratégiques et administratives), le comité scientifique et technique (en charge de la feuille de route technique) et le bureau (en charge de la coordination de la plateforme au jour le jour).
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Depuis 2021, la gouvernance de Pl@ntNet est ouverte à d’autres membres tels que des organismes de recherche, des collectivités territoriales, des instances de gouvernance publiques ou encore des gestionnaires d’espaces naturels. L’adhésion au consortium peut se faire selon 3 statuts:
| Acteur-relais | Membre | Membre premium | |
| Comité exécutif (principale gouvernance) |  | ||
| Comité scient. & tech. (choix techniques) | | | |
| Droits d’utilisation de la marque |  |  |  |
| Demi-journées d’ingénierie pour les services Pl@ntNet (micro-projet, exports BD, …) | 3 | 15 | 30 |
| Accès à l’API illimité https://my.plantnet.org/ |  | | |
| Montant de la cotisation | 2K euros / an | 10K euros / an | 20K euros / an |
